​În 1943 se fac primele donaţii, cea mai importantă fiind a magistratului ieşean Iuliu Pascu, formată din 340 de obiecte – ţesături, scoarţe, port popular, ceramică şi obiecte de lemn. Renumitul folclorist Artur Gorovei, care înfiinţase, în anul 1892, la Fălticeni, revista „Şezătoarea”, donează muzeului ieşean biblioteca sa de specialitate însumând aproximativ 500 de volume, cărţi şi reviste, cu rugămintea ca, după moartea sa, biblioteca să-i poarte numele. În prima formulă, muzeul era de fapt o colecţie etnografică dublată de o valoroasă bibliotecă şi exista doar „cu numele”, fiind reprezentat prin directorul său onorific, Ion Chelcea, fără personal, fără local şi fără o subvenţie sau buget care să-i permită achiziţionarea de obiecte.

În anul 1951, Muzeul Etnografic al Moldovei trece de sub egida catedrei de etnografie de la universitatea ieşeană în schema de organizare a Aşezămintelor Culturale, respectiv la Secţia Culturală a judeţului Iaşi. Pentru prima dată muzeul devine o instituţie bugetară, i se aprobă o schemă, un sediu şi buget pentru achiziţii de obiecte muzeale şi cercetări etnografice.

În decembrie 1954, când, prin hotărârea Consiliului de Miniştri, Palatul Administrativ al Iaşilor se transformă în Palat al Culturii, menit a adăposti muzeele ieşene, Muzeului Etnografic i se alocă spaţiu de sine stătător. Inaugurarea propriu-zisă a Muzeului Etnografic al Moldovei şi deschiderea oficială pentru public au avut loc în data de 16 februarie 1958. Muzeul Etnografic al Moldovei are în prezent un patrimoniu de peste 13.000 de piese, ultimele 2000 (circa) achiziţionate în deceniul 2006-2016.

Competenţa ştiinţifică a Muzeului Etnografic al Moldovei se întinde areal pe toată suprafaţa Moldovei istorice, iar temele de cercetare acoperă următoarele domenii: agricultură, creşterea animalelor, ocupaţii secundare (pescuit, vânat, apicultură), meşteşuguri, instalaţii tehnice ţărăneşti, textile de interior, port popular, interioare tradiţionale, arhitectură tradiţională, datini şi obiceiuri, alimentaţie tradiţională, antropologie creştină, organizare socială (bresle etc.) şi aşezări (sate, târguri, oraşe), creaţie plastică populară (artă naivă), creaţie orală populară (folclor), etnografie urbană.

În perioada în care a fost închis publicului, Muzeul Etnografic al Moldovei a realizat, ca organizator principal sau ca partener, activităţi extra muros: expoziţii temporare, târguri şi festivaluri ca Târgul Meşterilor Populari, Târgul Ouălor Încondeiate, Festivalul Mărțișorului, Festivalul Vinului de la Hârlău, Festivalul Internaţional de Artă Tradiţională, Ziua Universală a Iei, Micii Meşteri din Copou.

Muzeul a încheiat parteneriate culturale cu instituţii de învăţământ, de cultură şi cult, în cadrul cărora s-au fondat noi instituţii muzeale în peisajul cultural naţional (Casa „Creangă” de la Mănăstirea Golia, Muzeul „Patriarh Nicodim Munteanu” din comuna Pipirig - Neamţ, Muzeul Vivant „Casa Monahală” de la Agapia), s-au remodelat muzee existente (Muzeul „Grigorescu” - Agapia şi Casa „Vlahuţă” - Agapia). Publicaţia ştiinţifică proprie, Anuarul Muzeului Etnografic al Moldovei, şi-a continuat fără întrerupere drumul, la finalul anului 2015 apărând cel de al XV-lea număr.

Redeschiderea Muzeului Etnografic al Moldovei, după opt ani de lucrări de restaurare a edificiului care îl adăposteşte, aduce oportunitatea regândirii tematicii, utilizarea bunurilor culturale într-un nou demers muzeografic, cum ar fi concentrarea pe ilustrarea unui concept (de atelier de olărit sau de cojocărit, de exemplu) sau propunerea de noi teme expoziţionale şi expunerea de piese din colecţie ce nu au fost prezentate niciodată publicului.

Echipa muzeului propune un muzeu proaspăt şi interesant şi îşi orientează predilect cercetarea spre petele albe din etnografia Moldovei istorice.